Vários pontos da fabricação de medicamentos podem interferir em sua qualidade final, por isso é necessário a identificação dos mesmos e desenvolvimento de correções.

Um dos pontos mais importantes ocorre na mistura de matérias-primas. Nele, a contaminação pode vir tanto dos trabalhadores que manipulam a matéria, da própria matéria, dos equipamentos, do ambiente ou da combinação desses meios. Muitas pesquisas apontam a contaminação microbiana como principal razão para a perda de qualidade, sendo que o gênero Bacillus corresponde à 86,53% da contaminação total.

Casos de bacteremia, em hospitais, devido ao uso de produtos farmacêuticos contaminados são comuns e descritos na literatura, todavia muitos casos não tem causa específica comprovada, mas a detecção do microrganismo sugere hipóteses. Um exemplo são as contaminações por Klebsiella pneumoniae, que é relatada como encontrada em produtos cosméticos culminando em um quadro de bacteremia. Essa bactéria está presente em diversos ambientes, como água, solo e ar, e as especulações sobre as possíveis contaminações sugerem que a matéria prima pode ser fonte de contaminação quando de origem vegetal, assim como a água utilizada na produção e a má higiene dos trabalhadores. Como a Klebsiella pneumoniae não é um contaminante frequente, as hipóteses se matéria prima e água são normalmente descartadas, já que esses são utilizados na produção de diversos medicamentos.

Muitos estudos se concentram na identificação e quantificação de microrganismos presentes em cosméticos, já que a contaminação por essa classe de fármacos é tão frequente quanto os medicamentos. Um estudo que investigava a presença de patógenos presentes em hidratantes, em níveis capazes de infectar imunocomprometidos, constatou que a origem das contaminações foram as matérias primas utilizadas, bem como as condições ambientais e de como os produtos foram produzidos e embalados (ITIN, 1998). Alguns estudos também mostram a presença de E. coli, Pseudomonas spp. e Bacillus spp. em cremes e loções.

Para diminuição da contaminação de produtos farmacêuticos são propostos controle ambiental, para aplicação em áreas de produção monitorando o ambiente e controle de qualidade, devido à contaminação vinda durante o processo de fabricação pelos operadores, principalmente. Esse segundo tipo de contaminação ocorre, por exemplo, pela escamação natural da pele que transporta micrococos não patogênicos, difteróides e estafilococos que podem estar presentes devido à maus hábitos de higiene. O controle de qualidade também deve ser realizado nos materiais utilizados para embalagem, já que suas propriedades são favoráveis para o crescimento de Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus aureus, e na água.