Segundo o CONAMA, os resíduos tanto da produção quanto do descarte de fármacos são classificados como perigosos e então precisam de um descarte e tratamento adequado.

A complexidade das etapas de produção de um medicamento quanto reações de síntese e análise, o consumo de solventes, a emissão de gases, entre outros aspectos, coloca esse setor como um potencial gerador de resíduos. Assim, a indústria farmacêutica ocupa cerca de 26% da produção de substâncias químicas, perdendo apenas para o setor petroquímico.

Os principais sítios de ocorrência de fármacos são lençóis freáticos, águas de rios, águas de oceanos, sedimentos e solo. Esses ambientes acabam contaminados por infiltração de linhas de esgoto e afluentes, despejo de esgoto doméstico, industrial ou rural transportado pela água das chuvas, deposição de espécies ativas insolúveis e despejo urbano inadequado somado ao de uso rural. Sendo assim, qualquer despejo, seja em aterro sanitário ou em efluentes e na atmosfera, ou o reuso deve ser pensado levando em conta o impacto ambiental e só pode ser feita mediante a licença.

Qualquer que seja o destino dado ao resíduo devem ser levados em consideração fatores econômicos e de risco. As principais formas de tratamento são incineração, coprocessamento, biorremediação química ou física e reciclagem.

Estudos de diversos países mostram a presença de ativos farmacêuticos na água. Segundo a Agência de Proteção Ambiental dos EUA o maior impacto é causado pelo descarte de consumidores e não pelo processo industrial de fabricação. O Brasil ainda não possui uma regulamentação sobre o descarte, recolhimento, transporte e destino adequado de resíduos domiciliares.

Quanto à produção farmacêutica, o gerenciamento de resíduos é coordenado pela RDC nº 306\2004 da ANVISA, pela Resolução nº 358\2005 do CONOMA -relacionada ao gerenciamento e destinação final- e a RDC nº 17\2010 da ANVISA -sobre Boas Práticas de Fabricação de medicamentos.

A Lei nº 12.305 de agosto de 2010 decreta um Acordo Setorial estabelecendo ‘ato de natureza contratual firmado entre o poder público e fabricantes, importadores, distribuidores ou comerciantes, tendo em vista a implantação da responsabilidade compartilhada pelo ciclo de vida do produto’.